Thủ tục hoàn thuế GTGT phức tạp, kéo dài
VCCI cho biết, sau hơn ba tháng thực thi Luật Thuế Giá trị Gia tăng (GTGT) số 48/2024/QH15 và các văn bản hướng dẫn thi hành, đơn vị này đã tiếp nhận rất nhiều phản ánh từ các hiệp hội ngành hàng chủ lực như Chế biến và xuất khẩu thuỷ sản (VASEP), Cà phê – Ca cao, Hồ tiêu và cây gia vị, Chăn nuôi, Lương thực – Thực phẩm, Gỗ và Lâm sản… về những vướng mắc lớn đang phát sinh trên thực tế, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh, khả năng duy trì chuỗi cung ứng và thị phần xuất khẩu của nông sản Việt Nam.
Theo quy định tại Luật Thuế GTGT, các sản phẩm "chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường" bị áp thuế suất 5%. Tuy nhiên, trên thực tế, các sản phẩm nông nghiệp như cà phê, tiêu, điều, tôm, cá, gỗ nguyên liệu… chủ yếu chỉ trải qua các công đoạn sơ chế như bóc vỏ, phơi, xát, sấy… không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất. Việc áp thuế GTGT 5% cho nhóm hàng hóa nêu trên là chưa phù hợp với bản chất của thuế giá trị gia tăng – vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất – kinh doanh.
Đặc biệt, cơ chế "thu trước – hoàn sau" đang khiến các doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn rất lớn cho nghĩa vụ thuế, trong khi lợi nhuận biên ở các ngành hàng này rất thấp (chỉ từ 1–3%). Ví dụ, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, trong khi ngành hồ tiêu phải ứng trước tới 85 triệu USD, gây áp lực tài chính nghiêm trọng lên doanh nghiệp. Điều này làm tăng giá thành xuất khẩu, khiến hàng Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với các quốc gia như Brazil, Indonesia, Ấn Độ – nơi hàng nông sản thô được miễn hoặc áp thuế 0%.
Luật Thuế GTGT quy định thức ăn chăn nuôi là đối tượng không chịu thuế. Tuy nhiên, nhiều cơ quan thuế địa phương vẫn áp thuế 5% đối với nguyên liệu thức ăn chăn nuôi như ngô, cám gạo, bã bia, bột cá… khi bán ở khâu thương mại. Cách hiểu này chưa đồng bộ với Luật Chăn nuôi và Thông tư 21/2019/TT-BNNPTNT, làm tăng chi phí sản xuất thức ăn chăn nuôi trong nước, tạo bất lợi cạnh tranh so với hàng nhập khẩu (không chịu thuế GTGT), đồng thời làm giảm tiêu thụ nguyên liệu nông sản nội địa.
Cũng theo VCCI, nhiều doanh nghiệp phản ánh việc hoàn thuế bị kéo dài nhiều tháng, thậm chí bị từ chối vì lý do nằm ngoài khả năng kiểm soát của họ. Đặc biệt, quy định mới tại Luật Thuế GTGT 2024 yêu cầu bên bán phải "kê khai và nộp thuế" thì doanh nghiệp mới được hoàn thuế. Quy định này là bất hợp lý vì chuyển giao trách nhiệm của bên bán sang bên mua – người đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế. Trách nhiệm xác minh, kiểm tra thuộc về cơ quan thuế, không thể bắt doanh nghiệp "ngay tình" phải gánh rủi ro về việc vi phạm nghĩa vụ thuế của bên bán.
Ngoài ra, quy định khống chế mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ là không phù hợp với đặc thù mùa vụ của ngành nông nghiệp, nơi doanh nghiệp thường thu mua tập trung đầu vụ nhưng xuất khẩu dàn trải trong nhiều tháng. Điều này khiến phần lớn thuế đầu vào không được hoàn đủ, ảnh hưởng đến tính thanh khoản và khả năng thu mua nguyên liệu từ nông dân.
Hiện nay, phần lớn nguyên liệu đầu vào trong ngành nông nghiệp đến từ hộ nông dân nhỏ lẻ – những người không có chức năng phát hành hóa đơn VAT. Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc chứng minh nguồn gốc hợp lệ để được khấu trừ hoặc hoàn thuế. Ngoài ra, yêu cầu truy xuất nguồn gốc đến từng hộ dân là không khả thi, đặc biệt trong các ngành có chuỗi cung ứng phân tán như gỗ, thủy sản, lâm sản.
Bên cạnh đó, các doanh nghiệp xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử như Amazon, Alibaba… hiện gặp khó khăn trong hoàn thuế do thiếu hợp đồng và chứng từ theo mẫu truyền thống. Việc chưa cho phép sử dụng dữ liệu số, hóa đơn điện tử hoặc chứng từ thay thế khiến nhiều doanh nghiệp không thể hoàn thuế dù hàng hóa đã xuất khẩu hợp pháp.
Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu bị liên đới trách nhiệm do nhà cung cấp gian lận hóa đơn hoặc chưa thực hiện nghĩa vụ thuế. Một số trường hợp doanh nghiệp đã thanh toán đầy đủ, có chứng từ hợp pháp nhưng vẫn bị truy thu hoặc từ chối hoàn thuế. Tình trạng này ảnh hưởng nghiêm trọng tới uy tín quốc tế của doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh các thị trường như EU yêu cầu minh bạch chuỗi cung ứng (EUDR).
Ngoài ra, mức xử phạt hành chính hiện nay (từ 5 đến 8 triệu đồng) áp dụng ngay cả với sai sót nhỏ, mang tính kỹ thuật, gây áp lực không đáng có đối với doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi mô hình.
Theo VCCI, doanh nghiệp trong nhiều ngành hàng chủ lực phản ánh vướng mắc chính sách thuế giá trị gia tăng (ảnh minh họa).
VCCI kiến nghị cho phép sử dụng chứng từ điện tử làm căn cứ hoàn thuế xuất khẩu
Để kịp thời tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, đồng thời bảo đảm chính sách thuế phát huy đúng tinh thần hỗ trợ sản xuất, thúc đẩy xuất khẩu nông sản và ổn định chuỗi cung ứng trong nước, VCCI kính đề xuất Thủ tướng Chính phủ một số kiến nghị như sau:
Thứ nhất, cần khẩn trương rà soát, sửa đổi các quy định liên quan đến phạm vi chịu thuế GTGT đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường. Việc áp dụng thuế suất 5% cho nhóm hàng hóa này hiện đang tạo ra gánh nặng tài chính bất hợp lý cho doanh nghiệp, không phản ánh đúng bản chất của thuế GTGT – vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong chuỗi sản xuất. VCCI đề nghị xem xét khôi phục (hoặc khôi phục có thời hạn) quy định "không phải kê khai, tính thuế" đối với các sản phẩm nông nghiệp sơ chế như đã từng được áp dụng tại Nghị định 209/2013/NĐ-CP. Đồng thời, kiến nghị Chính phủ giao Bộ Nông nghiệp Môi trường chủ trì phối hợp với các Bộ, ngành liên quan ban hành danh mục cụ thể các loại "sản phẩm sơ chế thông thường" cho từng ngành hàng, nhằm bảo đảm tính thống nhất trong cách hiểu và áp dụng giữa các địa phương.
Thứ hai, cần có giải pháp đồng bộ nhằm cải cách mạnh mẽ thủ tục hoàn thuế GTGT, hướng tới đơn giản hóa quy trình, tăng cường tính minh bạch và giảm thiểu rủi ro cho doanh nghiệp. VCCI kiến nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính xây dựng cơ chế hoàn thuế tự động đối với các hồ sơ hợp lệ, không có dấu hiệu gian lận, tương tự như mô hình đã được triển khai tại một số quốc gia như Ấn Độ. Mặt khác, cần phát triển hệ thống dữ liệu điện tử liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp để hỗ trợ quá trình xác thực, đối chiếu nhanh chóng và chính xác. Việc số hóa quy trình hoàn thuế không chỉ giúp tiết kiệm thời gian, chi phí cho doanh nghiệp mà còn hỗ trợ cơ quan quản lý tăng hiệu quả giám sát, giảm áp lực nhân lực và phòng chống gian lận thuế hiệu quả hơn.
Thứ ba, cần điều chỉnh quy định liên quan đến điều kiện hoàn thuế theo hướng loại bỏ yêu cầu doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi nhà cung cấp đã kê khai, nộp thuế. Đây là một điều kiện không hợp lý, dẫn đến tình trạng doanh nghiệp bị từ chối hoàn thuế do lỗi của bên thứ ba, mặc dù đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thanh toán, lưu trữ chứng từ và kê khai hợp lệ. Trách nhiệm quản lý nghĩa vụ thuế của người bán phải thuộc về cơ quan thuế, không thể chuyển giao rủi ro cho người mua. Quy định này hiện không chỉ gây bức xúc trong cộng đồng doanh nghiệp mà còn tiềm ẩn nguy cơ làm suy giảm niềm tin vào hệ thống pháp luật thuế.
Thứ tư, cần sớm ban hành các hướng dẫn pháp lý đặc thù nhằm tháo gỡ vướng mắc trong giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân – lực lượng sản xuất chủ lực nhưng chưa có cơ chế phù hợp để tham gia chính thức vào chuỗi cung ứng hiện đại. Cụ thể, VCCI đề nghị cho phép doanh nghiệp sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn (theo mẫu quy định tại Thông tư 78/2021/TT-BTC) như một loại chứng từ thay thế để làm căn cứ khấu trừ và hoàn thuế. Đồng thời, cần có hướng dẫn rõ ràng về các trường hợp miễn thuế GTGT đối với hộ nông dân nhỏ lẻ, đảm bảo không tạo ra các rào cản hành chính gây khó khăn cho quá trình thu mua nguyên liệu trong nước.
Thứ năm, trong bối cảnh kinh tế số và thương mại điện tử phát triển, đặc biệt là xu hướng xuất khẩu hàng hóa qua các nền tảng trực tuyến như Amazon, Alibaba…, cần sớm xây dựng cơ chế pháp lý phù hợp để hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện thủ tục hoàn thuế. VCCI kiến nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính nghiên cứu và ban hành quy định cho phép sử dụng chứng từ điện tử, dữ liệu giao dịch số làm căn cứ xác minh trong hoàn thuế xuất khẩu. Đây là giải pháp không chỉ phù hợp với thực tiễn mà còn giúp Việt Nam bắt kịp xu hướng thương mại toàn cầu, nâng cao năng lực cạnh tranh cho hàng hóa xuất khẩu.
Thứ sáu, cần rà soát lại toàn bộ hệ thống xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế theo hướng phân loại mức độ vi phạm và áp dụng hình thức xử lý hợp lý, nhân văn, đặc biệt với doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ, hộ kinh doanh mới chuyển đổi. Mức xử phạt hiện nay từ 5 đến 8 triệu đồng cho các sai sót mang tính kỹ thuật, hành chính – như chậm kê khai, sai mã hợp đồng – là quá cao và tạo áp lực không đáng có.
VCCI kiến nghị áp dụng cơ chế khoan hồng đối với vi phạm lần đầu, miễn phạt đối với sai sót nhỏ dưới ngưỡng 50.000 đồng nhằm khuyến khích tinh thần tuân thủ tự nguyện, thay vì gây tâm lý e ngại cho người nộp thuế.
Hoàng Mai
Cùng chuyên mục
Mới cập nhật
Toyota tiếp tục là hãng xe có giá trị nhất thế giới
Canada dọa kiện Stellantis vì kế hoạch chuyển sản xuất sang Mỹ
Giá đất Vinhomes ở Cần Giờ cao hay thấp?
Ông Phan Thiên Định được bầu giữ chức Chủ tịch UBND Tp.Huế
